Històricament el Consorci de la Costa Brava s’ha destacat pel seu esperit innovador i pioner. En aquest sentit, des d’inicis de 2007 i en col·laboració amb diversos departaments universitaris, s’ha consolidat una línia de treball centrada en desenvolupar petits projectes de recerca aplicada que permetessin respondre a qüestions relacionades amb l’explotació de les instal·lacions, la qualitat de l’aigua, la protecció de la salut pública o l’eficiència dels diversos sistemes de tractament d’aigües en funcionament a la Costa Brava.
