Els laboratoris realitzen la major part de les analítiques necessàries per controlar la idoneïtat dels diferents processos de depuració en continu.

El seu objectiu, a més d’agilitzar i facilitar el control de les diferents etapes que formen part de la depuració, és el seguiment de la qualitat de l’aigua depurada i regenerada, així com del fang produït.

Els paràmetres que es controlen en aquests laboratoris són els següents: demanda bioquímica d’oxigen, sòlids en suspensió, demanda química d’oxigen, nitrogen total, nitrogen amoniacal, nitrats, fòsfor total, terbolesa, pH, transmitància, conductivitat, clorurs, sòlids totals i volàtils, sequedat, E. coli, bacteris aerobis totals, ous de nematodes, clostridis sulfit reductors i bacteriòfags somàtics.

A més de realitzar exercicis d’Inter comparació interns, aquests laboratoris participen en exercicis d’Inter comparació de laboratoris externs per tal d’assegurar la seva fiabilitat.